Pozdravljeni Rok!
V začetku (verjetno še vedno) pyCharm datoteko ipynb ni podpiral ustrezno: pri shranjevanju v pycharmu, jih potem ni mogoče odpreti po "navadni" poti; poleg tega je prikaz v pyCharm včasih napačen. Odsvetujem vam torej uporaba pyCharm-a za ipynb.
Glede na opis datoteke ugibam, da manjka "execution_count": 1 pred "metadata".
Torej nekaj takega
"execution_count": 1,
"metadata": {},
"output_type": "execute_result"